「積層膜断面を試料モデルとした計算が可能なモンテカルロシミュレーションソフトはあるのでしょうか？」
とのことですが、私が知る範囲では、フリーソフトではありませ
ん。
ここで紹介した神田さんが作られたソフトは、SEMの像の解釈
用です。
積層断面のモンテカルロが必要でしたら自分で作成するしか
ないでしょうね。ただ、界面の取り扱いをどうするのかについて
はよくわかりません。

お力になれなくて申し訳ない。