サンプルを透過中に電子線は拡がります。その様子をモンテカルロシミュレーションで計算することが可能です。また、サンプルに電子線を当てた状態でビームを撮影することで、電子線の拡がりを含めた実際に測定しているときのビーム径に対応します。この場合、強度がガウシアン分布のような形状を示すので、この半値幅をビーム径の定義とすることが良く行われています。サンプル膜厚が厚いと強度分布がブロードになると予想されるので、格子歪みが不均一な場では注意が必要です。