標記の質問の件、私は分野が違うため回答する能力がありませんが、像シミュレーションを行うことのある同僚のコメントを求めたところ、次のような話しでした。

固有値法（ベーテ法）は近似の計算であるため簡便でコンピュータの能力が低かったときには一定のメリットがあったが、コンピュータが十分速くなり市販のソフトの供給もあることからより精密な計算のマルチスライス法を用いることが一般的になっている。自分も、ベーテ法を普段用いることはなく、両者の詳しい比較を求める今回の質問全体に回答することには躊躇する。
ソフトウェアの例として、
xHREM
http://www.hremresearch.com/Jpn/simulation.html
Mac TempasX
http://www.totalresolution.com/
などがあるそうです。

「ベーテ法」「マルチスライス法」については、下記のＨＰで、JEOLの解説を見ることが出来ます。
http://www.jeol.co.jp/technical/dictionary/emterms/01.htm