放射光と汎用装置の光学系が異なりますので，一概に差を論ずることは難しいと思います．

あくまで一般論ですが，放射光の方が光が強いですから，希薄系などでは放射光でしか見えない場合が出てくると思います．

それから，ビームの平行性は放射光の方が優れておりますので，小角分解能（散乱角の下限）は放射光の方が優れているかもしれません．その場合，使用している波長にも依存しますが，観測対象となる大きさが小角分解能によって左右され，小角分解能が小さい方がより大きな情報を得ることができるようになります．

いずれにしましても，実験の際は装置や光学系のスペックを担当者に問い合わせた方が良いと思います．